Байкальский Музей ИНЦ СО РАН создан в 1993 г. на базе существовавшей ранее Байкальской экспозиции Лимнологического института СО РАН.

Байкальский музей, один из трех существующих ныне музеев озер в мире и единственный в России, расположен на берегу оз.Байкал, у истока реки Ангары, привлекает внимание всех приезжающих в Сибирь и на Байкал, входит в список всероссийских туристических маршрутов. Созданный большим коллективом учёных-байкаловедов, освещает сбалансиро-ванную экологическую систему самого большого хранилища пресной воды на Земле. Уникальность коллекций, длительный ряд наблюдений за природой озера, высокая культура показа делает музей оригинальным и наиболее посещаемым в области.
Основная научная задача музея состоит в сборе, хранении и монографическом описании коллекций байкальских гидробионтов.

Особое значение имеет систематизация и сохранение генофонда эндемичной байкальской флоры и фауны. За годы существования музея собрано 17 видов коллекций, содержащих более 16 тыс.единиц хранения.

Наиболее ценные коллекции байкальских организмов прошлого века: амфиподы (сборы 1949-59 гг.), скелеты бычковых рыб (1933-53 гг.), остракоды (1955-1968 гг.), различные виды гидробионтов (1906-1962 гг.), Байкальские рыбы, ручейники, амфиподы, моллюски, паразиты рыб, изоподы, губки, гербарий высших растений Байкальского региона, водоросли Байкало-Ангаро-Енисейского региона, их препараты (1993- 2006).

Другая, не менее важная задача, – научно-просветительская. В экспозициях музея хранятся и демонстрируются новейшие результаты исследований по всем разделам естественных наук о Байкале и его регионе.

За последние 13 лет в Байкальском музее побывали, прослушали лекции и экскурсии более 800 тыс.человек.

Музей активно занимается пропагандой новейших достижений в области энергосберегающих технологий. Институтом теплофизики СО РАН, при поддержке академика В.Е.Накорякова в музее установлена новейшая тепло-обеспечивающая установка «Тепловой насос НТ 60-1», позволяющая снизить затраты на отопление музея в 2,5 раза за счет тепла байкальской воды, сбрасываемой из аквариумной установки. Планируется превратить здание в объект, использующий только чистые, энергосберегающие технологии и демонстрирующие их достоинства. По проекту здание музея будет расположено под пирамидой из стекла с вставками из солнечных батарей и рекуператоров. Это позволит получить дополнительные экспозиционные площади и устроить зимний сад.